Lịch sử của Nhật Bản cổ đại có thể được chia thành ba giai đoạn riêng biệt. Giai đoạn đầu tiên được gọi là thời kỳ Jomon là thời gian trong khoảng từ 14.000 TCN đến 300 TCN. Thuật ngữ "Jomon" có nghĩa là "dây khuôn mẫu" trong tiếng Nhật. Nó đề cập đến các dấu hiệu thực hiện trên tàu sét và số liệu sử dụng gậy với dây quấn xung quanh họ là những đặc trưng của người Jomon.
Giai đoạn thứ hai được gọi là thời kỳ Yayoi là một thời đại trong lịch sử Nhật Bản truyền thống ngày 300 TCN đến 300 AD. Nó được đặt tên sau khi các khu phố của Tokyo, nơi các nhà khảo cổ đầu tiên phát hiện hiện vật và các tính năng từ thời kỳ đó. Chất đặc trưng của thời kỳ Yayoi bao gồm sự xuất hiện của phong cách gốm mới và sự khởi đầu của một nền nông nghiệp lúa thâm canh trong ruộng lúa. Văn hóa Yayoi phát triển mạnh mẽ trong một khu vực địa lý từ phía Nam Kyūshū đến Bắc Honshū.
Giai đoạn cuối cùng được gọi là thời kỳ Kofun của lịch sử cổ đại của Nhật Bản, bắt đầu từ khoảng năm 250, được đặt tên sau khi chôn cất phần mộ gò lớn (kofun) mà xuất hiện vào thời điểm đó. Thời kỳ Kofun thấy việc thành lập của các quốc gia mạnh quân sự trung tộc xung quanh mạnh mẽ, và việc thành lập chính thể Yamato trội trung ở các tỉnh Yamato và Kawachi, từ thế kỷ thứ 3 đến thế kỷ thứ 7, nguồn gốc của dòng họ hoàng gia Nhật Bản. Nhật Bản bắt đầu gửi cống phẩm cho Imperial Trung Quốc trong thế kỷ thứ 5. Trong các hồ sơ lịch sử của Trung Quốc, các chính thể được gọi là Wa và năm vị vua của nó đã được ghi lại. Dựa trên mô hình Trung Quốc, họ đã phát triển một chính quyền trung ương và một hệ thống triều đình và xã hội đã được tổ chức thành các nhóm nghề nghiệp. Mối quan hệ chặt chẽ giữa ba vương quốc của Hàn Quốc và Nhật Bản đã bắt đầu trong thời gian giữa thời gian này, vào khoảng cuối thế kỷ thứ 4.