Lịch sử Indonesia là dải thời gian rất dài, bắt đầu từ thời Cổ đại khoảng 1.7 triệu năm trước dựa trên phát hiện về Homo erectus Java. Các giai đoạn lịch sử của Indonesia có thể chia thành 5 kỷ:
Thời đại tiền thực dân: Sự xuất hiện của các vương quốc theo đạo Hindu, đạo Phật, đạo Hồi tại đảo Java và Sumatra. Các quốc gia này phát triển dựa trên thương mại, buôn bán hàng hải.
Thời đại thuộc địa: Chịu sự kiểm soát của người châu Âu, đặc biệt là người Hà Lan với sự kiểm soát của Công ty Đông Ấn Hà Lan, họ đã chiếm vùng đất này để kiểm soát con đường gia vị, hương liệu. Khoảng 3,5 thế kỷ là thuộc địa, bắt đầu từ thế kỷ 17 đến giữa thế kỷ 20.
Thời đại mới dành độc lập: Cột mốc là Tuyên bố độc lập của người Indonesia (1945) đến sự sụp đổ của chính quyền Sukarno (1966).
Thời đại trật tự mới: 32 năm dưới sự thống trị của Suharto (1966-1988).
Thời đại cải tổ: Sụp đổ của Suharto đến hiện tại.