Hồi giáo là tôn giáo được tôn trọng nhất ở Indonesia, với 87,2% dân số Indonesia tự nhận mình là người Hồi giáo trong năm 2010. Indonesia có dân số Hồi giáo lớn nhất thế giới, với khoảng 225 triệu người Hồi giáo.
Về mặt giáo phái, đa số tuyệt đối (99%) tuân thủ Hồi giáo Sunni, trong khi có khoảng một triệu người Shias (0,5%), tập trung quanh Jakarta, và khoảng 400.000 người Hồi giáo Ahmadi (0,2%). Về mặt các trường phái luật học Hồi giáo, dựa trên số liệu thống kê nhân khẩu học, 99% người Hồi giáo Indonesia chủ yếu theo trường phái Shafi'i, mặc dù khi được hỏi, 56% không tuân thủ bất kỳ trường cụ thể nào. Xu hướng tư tưởng trong Hồi giáo ở Indonesia có thể được phân loại thành hai định hướng; "Chủ nghĩa hiện đại" tuân thủ chặt chẽ thần học chính thống trong khi chấp nhận học tập hiện đại và "chủ nghĩa truyền thống" có xu hướng tuân theo sự giải thích của các nhà lãnh đạo tôn giáo địa phương và giáo viên tôn giáo tại các trường nội trú Hồi giáo (pesantren). Ngoài ra còn có một sự hiện diện quan trọng trong lịch sử của hình thức Hồi giáo đồng bộ được gọi là kebatinan.
Hồi giáo ở Indonesia gần như được coi là đã dần lan rộng thông qua các hoạt động buôn bán của các thương nhân Hồi giáo Ả Rập, được áp dụng bởi các nhà cai trị địa phương và ảnh hưởng của chủ nghĩa thần bí kể từ thế kỷ 13. Trong thời kỳ cuối thuộc địa, nó đã được thông qua như một biểu ngữ biểu tình chống lại chủ nghĩa thực dân. Ngày nay, mặc dù Indonesia có đa số người Hồi giáo áp đảo, nhưng đó không phải là một quốc gia Hồi giáo, nhưng về mặt hiến pháp là một nhà nước thế tục có chính phủ công nhận sáu tôn giáo chính thức.