Nhà thờ trên núi Zion được thành lập năm 1990 và được đăng ký theo Đạo luật tín thác Ấn Độ năm 2000.
Tên của Giáo hội được đặt theo kinh thánh Nhưng bạn đã đến Núi Si-ôn, đến Giê-ru-sa-lem trên trời, thành phố của Thiên Chúa hằng sống. Bạn đã đến hàng ngàn trên hàng ngàn thiên thần trong hội chúng vui vẻ, đến nhà thờ của tiên sinh, có tên được viết trên thiên đàng. Bạn đã đến với Thiên Chúa, Người phán xét của tất cả mọi người, với tinh thần của những người công chính được làm cho hoàn hảo (Dt 12: 22-23).
Nhà thờ trên núi Zion được thành lập bởi Linh mục S. S. Mohanty vào ngày 7 tháng 3 năm 1990 để phục tùng tầm nhìn của Thiên Chúa để phục vụ người dân thông qua tình yêu và lòng trắc ẩn của Chúa Giêsu Kitô. Mục sư S. S. Mohanty đã hy sinh mạng sống của mình và trải qua khổ nạn lớn trong việc xây dựng Vương quốc của Thiên Chúa trong thành phố đền thờ gọi là Bhubaneswar, Odisha theo kế hoạch và phương hướng của Thiên Chúa. Trong những ngày đó, rất hiếm khi tìm thấy một nhà thờ Ngũ Tuần đầy tinh thần thực sự ở Bhubaneswar. Khi bắt đầu mục vụ, chỉ có hai gia đình được liên kết với mục sư và một trong những anh em khuyến khích và nói rằng tại sao chúng ta không bắt đầu nhà thờ từ tuần tới? Và ngay lập tức vào Chủ nhật đầu tiên của tháng 3 năm 1990, chúng tôi đã tiến hành nghi lễ thờ phượng Chủ nhật đầu tiên chỉ với hai gia đình và đó là sự ra đời của Giáo hội trên Núi Zion, Bhubaneswar, Odisha. Trong vòng bảy năm phục vụ Nhà thờ Hồi giáo trên Núi Zion, đã trở thành một trong những nhà thờ lớn nhất trong thành phố.