Zika thuộc về gia đình rút Flaviviridae và chi Flavivirus. Tên của nó xuất phát từ rừng Zika của Uganda, nơi virus lần đầu tiên được phân lập vào năm 1947. Virus Zika có liên quan đến bệnh sốt xuất huyết, sốt vàng da, viêm não Nhật Bản, và virus West Nile.
Có hai dòng virus Zika: dòng dõi châu Phi, và dòng truyền thừa châu Á. nghiên cứu phát sinh loài cho thấy virus lây lan ở châu Mỹ có liên quan chặt chẽ nhất để chủng châu Á, trong đó lưu hành ở Polynesia thuộc Pháp trong dịch bệnh năm 2013.
Virus Zika được bao bọc bởi những chiếc áo khoác của virus. Những protein cấu trúc đóng gói các virus. Virus chứa các máy chủ có nguồn gốc từ màng tiểu học (lipid kép). Bên dưới lớp màng nằm capsid virus - những protein kèm theo các vật liệu di truyền của virus.
Virus Zika có một, tích cực, ý thức hệ gen RNA sợi đơn nonsegmented. bộ gen RNA dương cảm giác này có thể dịch trực tiếp vào protein của virus. Những sợi RNA được tái tạo được tổ chức trong vòng một nucleocapsid hình thành từ các khối protein 12 kDa.