Hệ thống nuôi trồng thuỷ sản thích nghi rộng rãi với nông dân ngày nay có lợi thế hay lợi thế của các hệ thống trồng khác. Trong một hệ thống thủy sinh, một dòng nước giàu chất dinh dưỡng có nguồn gốc từ các phương tiện bảo dưỡng cá được sử dụng để làm tràn và cung cấp chất dinh dưỡng cho cây trồng thủy ngân. Điều này có tác động tốt đến cả cá và cây trồng vì thực vật sẽ nhận được các chất dinh dưỡng từ phân của cá trong khi nước sẽ chảy trở lại thùng chứa cá trở nên sạch hơn. Phân có nguồn gốc từ phân, nước tiểu và dư lượng thức ăn cho cá là các chất dư có thể gây độc cho cá và có thể gây ô nhiễm nếu không bị loại bỏ.
Về cơ bản, hệ thống nuôi trồng thủy sản cung cấp phân bón lỏng thu được từ phân cá để trồng cây thuỷ sinh và ngược lại thực vật và phương tiện hydroponic được đặt trên khu vực hồ bơi cũng là một bộ lọc tự nhiên hoặc lọc sinh học có thể làm sạch nước từ tạp chất Vai trò của lọc sinh học hoặc lọc tự nhiên nước bẩn được thực hiện bởi các vi khuẩn nitrat được tìm thấy trong rễ cây trồng và phương tiện hydroponics được sử dụng. Khi không có vi khuẩn như vậy, nitơ và ammonia độc hại đối với cá không thể lọc được và do đó không tốt cho sự phát triển của cá.